中國科學院遺傳與發(fā)育生物學研究所
成立于1959年，在2001-2003年經(jīng)由原中國科學院遺傳研究所、發(fā)育生物學研究所及石家莊農(nóng)業(yè)現(xiàn)代化研究所整合而組成現(xiàn)在的研究所。
中國科學院武漢病毒研究所
始建于1956年，是專業(yè)從事病毒學研究的綜合性研究機構。
中國科學院昆明動物研究所
成立于1959年4月，其前身為昆蟲研究所紫膠站。1963年曾改名為中國科學院西南動物研究所。
中國科學院西北高原生物研究所
成立于1962年，是以從事青藏高原生物科學研究(包括基礎理論、應用基礎和應用開發(fā)研究)為主的公益性綜合研究所，其前身是中國科學院青海分院生物研究所。
中國科學院遙感應用研究所
1979年成立，作為我國遙感科學與綜合應用技術國家級、開放型研究機構。
中國科學院大氣物理研究所
大氣所的前身是1928年成立的中央研究院氣象研究所，竺可楨、趙九章、顧震潮、葉篤正、陶詩言、曾慶存、洪鐘祥、王明星等著名學者曾先后擔任所長。
中國科學院南京地質(zhì)古生物研究所
成立于1951年5月7日，其前身為中央研究院地質(zhì)研究所及前中央地質(zhì)調(diào)查所等機構的古生物室（組）。
中國科學院南京土壤研究所
成立于1953年，其前身為1930年創(chuàng)立的中央地質(zhì)調(diào)查所土壤研究室。以土壤學基礎和應用基礎研究為主的社會公益性研究所。
中國科學院測量與地球物理研究所
成立于1957年，是中國在大地測量領域最早的研究機構，也是中國科學院唯一從事大地測量學研究的研究所，1970年歸屬國家地震局，1978年在鄧小平同志的關懷下，由中國科學院恢復重建。
中國科學院南海海洋研究所
成立于1959年1月，是我國規(guī)模最大的綜合性海洋研究機構之一，為中國科學院知識創(chuàng)新工程序列單位。從事海洋地質(zhì)、地球物理、水文、氣象等研究。